孕中期进行羊水穿刺仍不能排除疾病包括但不限于先天性心脏病、脊柱裂、胎儿畸形、代谢性疾病、神经系统疾病以及无脑儿等。因为羊水穿刺是从孕妇的子宫当中抽出一定量的羊水进行综合检验，具有一定的局限性，针对这些这些疾病的诊断往往需要依赖其他检查手段，如胎儿超声心动图、影像学检查等才能检测出来。

羊水穿刺是一种常见的产前诊断方法，从羊水穿刺的全过程来看主要是通过提取羊水样本进行分析，从而检测胎儿相关的异常，然而，尽管羊水穿刺是一种有效的诊断手段，但它并不能排除所有胎儿的潜在疾病，以下是一些即使做了羊水穿刺仍不能准确排除的胎儿疾病：

1、先天性心脏病：尽管羊水中的某些指标可能提示存在心脏异常的风险，但是对于心脏结构的问题，如先天性心脏病，其诊断效果有限，通常需要依靠胎儿超声心动图等专门的检查手段。

2、脊柱裂：脊柱裂是一种常见的先天性神经管畸形，是指脊柱的背侧中线部位的椎管出现裂开，同时伴有椎管内的脊髓和神经组织受到牵拉，而引起的一系列神经系统症状。

3、胎儿畸形：羊水穿刺对于胎儿的外观畸形，如肢体畸形、面部缺陷等，其诊断效果有限，通常是无法检测出来的。

4、代谢性疾病：某些代谢性疾病，如苯丙酮尿症、枫糖尿病等的临床表现和严重程度因个体而异，且可能受到多种因素的影响，所以这些疾病因此不能完全依赖羊水穿刺进行排除。

5、神经系统疾病：某些神经系统疾病，如自闭症、多动症等，其发病机制和病因尚不完全明确，因此无法通过羊水穿刺进行准确诊断。

6、无脑儿：无脑儿是一种严重的染色体异常疾病，是指胎儿大脑和脊髓发育不全，失去了大脑的表面和大脑的功能，无法正常地行使功能。通过羊水穿刺检查可以了解胎儿的染色体情况，来排除是否存在无脑儿。

总的来说，羊水穿刺由于其局限性，我们不能完全该技术来排除所有胎儿的潜在疾病，因此，在产前诊断过程中，医生需要根据具体情况综合考虑多种因素，包括孕妇的年龄、既往孕产史、家族史、超声检查结果等，以制定最合适的诊断方案，同时，孕妇也应该在医生的指导下进行产前诊断，并保持积极的心态和良好的生活习惯，以保障自己和胎儿的健康。